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DAP-seq
DAP-seq (DNA亲和纯化测序),成功将体内结合实验转移到体外,解决了ChIP抗体制备的困扰,极大的提高 DNA Binding Site发现的效率。对于抗体开发较少的植物样本研究,具有突出的优势。
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    DAP-seq (DNA亲和纯化测序),成功将体内结合实验转移到体外,解决了ChIP抗体制备的困扰,极大的提高 DNA Binding Site发现的效率。对于抗体开发较少的植物样本研究,具有突出的优势。DAP-seq不仅能够超高通量查找TFBS,还能深入了解众多TF的生物学特性和结合位点结构,在任何有机体的顺反和表观研究中表现出巨大的价值。


    技术原理


    通过生物素修饰接头的高活性Tn5转座酶插入开放染色质区域上DNA,用链霉亲和素偶联的磁珠与生物素反应,富集DNA及DNA上结合的转录蛋白复合物,对复合物进行蛋白质酶解-肽段纯化后进行质谱分析(富集DNA也可用于构建DNA文库,并行ATAC-seq)[1]。 


    技术优势


    1. 对低丰度的转录因子具有高灵敏度 

    2. 可直接鉴定开放染色质区域的转录蛋白复合物 

    3. 可与ATAC-seq、RNA-seq联合分析,同时获取开放染色质的基因组位置、DNA结合蛋白和转录复合位点的相互作用信息,全面解析DNA-转录蛋白机制


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