项目简介

m5C是RNA甲基化修饰中丰度较低的一种类型，但在肿瘤中的研究进展已经引起了广泛关注。近年来，随着高通量测序技术的发展，可以在转录组中很好的识别对包括m5C在内的各种核苷酸甲基化修饰。m5C修饰可以影响RNA的稳定性、可变剪接、翻译和转录后修饰等多个方面，从而对基因表达和细胞功能产生影响。虽然有大量关于m5C在tRNA和rRNA中的数据，但由于mRNA的丰度较低，且缺乏有效的分离纯化技术，对其在mRNA中的作用知之甚少。mRNA m5C BS-seq技术使用重亚硫酸盐对不含修饰的C进行处理，使其在PCR之后转换为T，而m5C修饰并不能进行该转换。结合体外合成全转录组无修饰RNA技术，在mRNA m5CBS-seq中加入IVT RNA作为负对照，得到高置信度的m5C位点，降低了检测结果中的假阳性率。

技术原理

通过生物素修饰接头的高活性Tn5转座酶插入开放染色质区域上DNA，用链霉亲和素偶联的磁珠与生物素反应，富集DNA及DNA上结合的转录蛋白复合物，对复合物进行蛋白质酶解-肽段纯化后进行质谱分析（富集DNA也可用于构建DNA文库，并行ATAC-seq）[1]。 

技术优势

1. 对低丰度的转录因子具有高灵敏度 

2. 可直接鉴定开放染色质区域的转录蛋白复合物 

3. 可与ATAC-seq、RNA-seq联合分析，同时获取开放染色质的基因组位置、DNA结合蛋白和转录复合位点的相互作用信息，全面解析DNA-转录蛋白机制