项目简介
Ribo-seq(Ribosome profiling),即核糖体印迹测序技术,系由Weissman 课题组于 2009 年首次发表的翻译组学研究技术。利用Ribo-seq,研究者能从基因组水平检测蛋白质的翻译状况,获得全面的、高质量的蛋白质翻译速度情况,了解蛋白质表达情况及其丰度还能直接对翻译过程进行研究。
技术原理
通过生物素修饰接头的高活性Tn5转座酶插入开放染色质区域上DNA,用链霉亲和素偶联的磁珠与生物素反应,富集DNA及DNA上结合的转录蛋白复合物,对复合物进行蛋白质酶解-肽段纯化后进行质谱分析(富集DNA也可用于构建DNA文库,并行ATAC-seq)[1]。
技术优势
1. 对低丰度的转录因子具有高灵敏度
2. 可直接鉴定开放染色质区域的转录蛋白复合物
3. 可与ATAC-seq、RNA-seq联合分析,同时获取开放染色质的基因组位置、DNA结合蛋白和转录复合位点的相互作用信息,全面解析DNA-转录蛋白机制
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