项目简介
ATAC-seq通过Tn5转座酶对染色质开放性位点的剪切和标签化,能够实现高效的染色质开放性图谱测序。传统的ATAC-seq步骤需要提取细胞核,然后再用Tn5转座酶处理。由于提取细胞核的步骤较为繁琐且由于操作人员的熟练程度差异,去除细胞膜的效率不稳定,对实验速度和成功率造成影响。分子时空通过一步法ATAC缓冲液,对PBS洗涤后的细胞进行简单处理后,就可以直接用于Tn5酶切的反应,显著简化了ATAC-seq建库流程。同时,经过一步法ATAC缓冲液处理的细胞,还可以在4℃稳定保存72小时,给临床样本的处理带来巨大的便利。
技术原理
通过生物素修饰接头的高活性Tn5转座酶插入开放染色质区域上DNA,用链霉亲和素偶联的磁珠与生物素反应,富集DNA及DNA上结合的转录蛋白复合物,对复合物进行蛋白质酶解-肽段纯化后进行质谱分析(富集DNA也可用于构建DNA文库,并行ATAC-seq)[1]。
技术优势
1. 对低丰度的转录因子具有高灵敏度
2. 可直接鉴定开放染色质区域的转录蛋白复合物
3. 可与ATAC-seq、RNA-seq联合分析,同时获取开放染色质的基因组位置、DNA结合蛋白和转录复合位点的相互作用信息,全面解析DNA-转录蛋白机制
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