项目简介

ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing）是一种通过高通量测序检测染色质开放区域的技术。其核心原理是利用 Tn5 转座酶特异性切割并标记基因组中可接近的染色质区域（如启动子、增强子等调控元件），随后对插入的 DNA 片段进行测序，从而绘制染色质可及性图谱。该技术具有样本需求量少、操作简便的特点，广泛应用于识别细胞类型特异的基因调控元件、揭示发育或疾病状态下的表观遗传动态变化（如细胞分化、肿瘤异质性），以及联合转录组或表观修饰数据析基因表达调控网络，为疾病机制研究和药物靶点挖掘提供重要依据。

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部分结果展示

研究案例

      染色质可及性是活跃调控区域的标志，并且与转录网络和细胞身份功能相关。然而，调控染色质可及性的分子机制和网络尚未得到充分研究。文章中，研究者进行了全基因组 CRISPR 筛选，并结合优化的 ATAC-see 协议，以识别调节全局染色质可及性的基因。除了已知的染色质调节因子如 CREBBP 和 EP400，研究者还发现了一些以前未被识别的调节染色质可及性的蛋白质，包括属于不同生物途径的 TFDP1、HNRNPU、EIF3D和 THAP11。对这些基因进行敲除后的 ATAC-seq 分析揭示了它们对染色质可及性的不同和特定影响。值得注意的是，研究者发现 TFDP1，一个转录因子，通过转录调控典型组蛋白来调节全局染色质可及性。此外，研究者的发现强调了操纵染色质可及性作为一种方法，以增强各种细胞工程应用，包括基因组编辑和诱导多能干细胞重编程。

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